戦国時代、善光寺平は信濃侵攻を行う甲斐国の武田晴信（信玄）と北信国衆を庇護する越後国の上杉謙信の争いの舞台となり、寺は兵火を被り荒廃した。この後、善光寺は寺地を地方に流転することになるが、行く先については諸説ある。一説には、善光寺の焼失を懸念した信玄により本尊は居館のある甲府へ移され、この時に建てられたのが今日の甲府市にある甲斐善光寺であるという。別の説では、善光寺を保護したのは上杉謙信であり、本尊は越後国直江津（現在の上越市）に移され、その寺跡には十念寺（浜善光寺）が大本願別院として法燈を伝えている。
本尊は、さらに織田信長の手で岐阜へ、豊臣秀吉により京の都へ、更に徳川家康の手で尾張へ移されるなど転々としたが、1598年（慶長3年）秀吉の死の前日に信濃へ帰された。
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